Bir kurtarma görevi için uzayın derinliklerine gönderilen Atılgan uzay gemisi, Federasyon'a savaş açmış gaddar diktatör Krall tarafından pusuya düşürülür. Krall'ın ölümcül ordusunun galaksi çapında bir savaş başlatmasını önlemek için verilen zamana karşı yarışta, Kaptan Kirk, Spock ve gemi mürettebatı birbirlerinden ayrı düşerler.