Sean Patrick Flanery 1965 yılında Lake Charles, Louisiana'da doğdu. Gençlik yıllarında oyunculuğa ilgi duymaya başladı ve bu ilgisi onu daha sonra profesyonel olarak oyunculuk kariyerine yönlendirdi. Flanery, üniversitede tiyatro eğitimi aldı ve bu eğitiminin ardından kendi kariyerini inşa etmeye karar verdi.

Flanery'in kariyerindeki önemli rolleri arasında The Boondock Saints filmindeki Conner MacManus karakteri ve The Dead Zone'deki Greg Stillson karakteri yer alıyor. Bu roller sayesinde Flanery, sinema dünyasında tanınarak popülerlik kazandı. Bunların yanı sıra, The Young Indiana Jones Chronicles adlı dizide Indiana Jones'u canlandıran Flanery, bu rolüyle de büyük ilgi çekti.