Molly Shannon, 16 Eylül 1964 yılında Ohio eyaletinin Shaker Heights şehrinde doğdu. Gençlik yıllarında dans ve tiyatro ile ilgilenen Shannon, oyunculuk eğitimi almak üzere New York Üniversitesi'ne gitmeden önce Ohio'daki Oberlin Koleji'nde öğrenim gördü. Daha sonra, komedi kariyerine "Saturday Night Live" (SNL) adlı televizyon programında yer alarak başladı. Shannon, SNL ekibinde 1995-2001 yılları arasında yer aldı ve programın tarihinin en uzun süredir görev yapan kadın üyelerinden biri oldu.

Shannon, "SNL" dışında da birçok projede yer aldı. Komedi filmleri arasında "Superstar" (1999), "Scary Movie 2" (2001), "A Mighty Wind" (2003) ve "Year of the Dog" (2007) sayılabilir.