Merab Ninidze, 1965 yılında Gürcistan'ın başkenti Tbilisi'de doğdu. Sanatçının doğduğu aile, tiyatro ve sanatla yoğun bir şekilde ilgilendi ve bu doğasıyla küçük yaşta tiyatroya giriş yaptı. 13 yaşındayken, Rustaveli Devlet Akademik Tiyatrosu'nda Shakespeare'ın Richard III oyununda Edward Prens rolünü başarıyla aldığı için tanınmış oldu. Bu oyun, 1979'da prömiyerini yaptı ve üç kez Birleşik Krallık'ta turneye çıktı. Ninidze daha sonra Shota Rustaveli Tiyatrosu ve Gürcistan Devlet Film Enstitüsü'nde Gizo Jordania'nın rehberliğinde eğitim aldı ve tiyatrodan sinemaya geçiş yaptı.

Ninidze'nin ilk sinema rolü, Tengiz Abuladze'nin 1984 filmi Omma'da Tornike Aravidze rolü oldu.