Fionnula Flanagan, 1941 yılında Dublin'de doğdu. Eğitimini Dublin'deki Royal Academy of Dramatic Art'da tamamladı. Kariyerine tiyatroyla başladı, çeşitli yerel sahne prodüksiyonlarında yer aldı. 1970'lerde sinemaya geçiş yaptı ve ilk büyük projesi, "Ryan's Daughter" adlı filmde rol aldı. Bu filmin ardından çeşitli uluslararası projelerde yer aldı.

Büyük çıkışını "The Playboy of the Western World" adlı filmde yapmıştır. Bu rol, onun kariyerinin önemli bir noktası oldu. Daha sonra "The Others" ve "Brooklyn" gibi önemli filmlerde rol aldı. Flanagan'ın en ünlü rolleri arasında "A Man Named O'Brien" adlı kült televizyon dizisinde olan rolü de bulunmaktadır.