Ayberk Pekcan, 22 Mayıs 1970 tarihinde Mersin'de doğdu. İlk ve orta öğrenimini Adana'da tamamladıktan sonra, lise eğitimini Mersin'de bitirdi. Daha sonra Mersin Üniversitesi Güzel Sanatlar Fakültesi Sahne Sanatları Bölümü Tiyatro Ana Sanat Dalında eğitim aldı. Üniversiteyi bitirdikten sonra İstanbul'a taşındı ve burada profesyonel oyunculuk kariyerine başladı.

Ayberk Pekcan, 2010 yılında başrolünü oynadığı "Saç" adlı sinema filminde büyük bir başarı yakaladı. Bu film ulusal ve uluslararası film festivallerinde ödüllere layık görüldü. 2012 yılında "Aşk ve Devrim" adlı sinema filmindeki rolüyle, 23. Ankara Uluslararası Film Festivalinde en iyi yardımcı erkek oyuncu ödülünü kazandı.