Antonia San Juan, 1961 yılında İspanya'nın Canary Islands kentinde doğdu. Sanatçı, Las Palmas'da büyüdü ve erken yaşlarda tiyatro ile tanıştı. Oyunculuğa ilk adımlarını İspanya ve Güney Amerika'daki çeşitli sahne projeleriyle atan San Juan, kısa sürede sinema ve televizyon alanlarında da yer edindi.

San Juan, en çok Pedro Almodóvar'ın Oscar ödüllü filmi "All About My Mother" (1999) ile tanındı. Filmde transseksüel karakter Agrado'yu canlandıran San Juan, bu performansıyla uluslararası alanda dikkat çekti.