#1
New York şehrinin karanlık güçlere esir düşmesiyle, şehirde umutsuzluk hakim olur. Ancak, kanalizasyonlardan çıkan dört kardeş Ninja Kaplumbağalar, amansız muhabir April O'Neal ve kameraman Vern Fenwick ile birlikte, Shredder'in planlarına karşı savaşmaya hazırlanır. Bu macera, kardeşlerin şehrin kahramanları olarak yükselişini anlatır.
#2
New York'un altındaki kanallarında yaşayan dört genç ninja kaplumbağa, Shredder ve Foot Clan'a karşı savaşır. Çekişmeler ve komik anlarla dolu bir macera, kaplumbağaların yeni düşmanlarıyla karşılaşmalarını ve şehirlerini korumalarını anlatır.