Peter Quill, evrenin dengesini tehdit eden güçlü bir küreyi çalar ve böylece galaksiyi sarsan bir olayı tetikler. Ronan'ın tehdidi altında, Gamora, Drax, Rocket ve Groot gibi sıra dışı karakterlerle bir ekip oluşturan Peter, başlangıçta anlaşamayan bu grubun dostluğu keşfederek galaksiyi kurtarmaya çalışır.
Galaksinin Koruyucuları yeniden bir araya geldiğinde Peter Quill, gizemli babası Ego ile karşılaşır. Ancak bu buluşma beklenmedik tehlikeler ve kişisel çatışmalar ortaya çıkarır. Ekip, geçmişleriyle yüzleşirken birbirlerine olan güvenleri sarsılır.
Galaksinin Koruyucuları 3, Marvel Sinematik Evreninde birtakım gezegenlerarası dostlar olan ekibin yeni maceralarını konu edinir. Bu kez, geçmişteki olayların yankılarıyla yüzleşmek zorunda kalan ekip, kendi kimliklerinin ötesine bakma yolculuğuna çıkar. Peter Quill'in (Star-Lord) kaybolan ailesiyle ilgili sırları keşfedilmesi ve Gamora'nın geçmişiyle barışması da hikâye içinde önemli yer tutar.